Candi Kedulan ditemukan dalam kondisi runtuh dan tertimbun pasir pada tahun 1993. Ditemukannya candi inipun secara tidak sengaja dan yang menemukannya adalah sekelompok masyarakat yang sedang menambang pasir. Jika dilihat dari material yang menimbun candi tersebut, maka dapat disimpulkan bahwa material tersebut berasal dari letusan gunung merapi yang terjadi pada periode itu. Bagian dasar dari candi tersebut berada di kedalaman sekitar 7 meter, itu dikarenakan dilihat dari jenis tanah dan lapisannya yang sudah mengalami pegerukan diketahui ada 13 lapisan jenis tanah, itu menjelaskan bahwa jenis lahar yang menutupi candi tersebut berasal dari 13 letusan gunung.