kabuto ditemukan dengan luka ringan di bagian kepala oleh nono (ibu angkat). kabuto adalah salah satu orang yang selamat di perang dunia shinobi ketiga. kabuto di bawa oleh nono dan anak-anak panti asuhan ke panti asuhan di konohagakure dan dia diajari teknik medis di konoha. kabuto sangat cerdas, terbukti saat ia masih kecil dan belum belajar apa-apa tapi ia sudah bisa membaca jam dan menghitung. hanya saja kabuto mempunyai masalah dalam penglihatannya, dan kaca mata yang ia pakai hingga sekarang adalah kaca mata pemberian nono saat ia masih kecil. kabuto kecil yang tidak tahu apa-apa menangis dan mengucapkan "arigatou" (terimakasih) berulang kali karena terharu akan pemberian ibu nya itu, sebelumnya kabuto belum di ketahui tinggal bersama siapa dan dari mana. kabuto tumbuh dan mnganggap nono sebagai ibu kandung nya begitu pun sebaliknya nono menganggap kabuto sebagai anak kandungnya. sekian lama mereka bersama di panti asuhan hingga danzo datang dan memberi tugas kepada nono karena nono dulunya adalah seorang anbu di konohagakure. awalnya nono menolak tugas tersebut karena ia harus mengurus panti dan anak-anaknya. selain itu ia juga sudah keluar dari anbu. tapi danzo mengancam tidak akan mengalirkan dana konoha untuk panti asuhan jika nono menolak tugas tersebut. tugas nya adalah membunuh seseorang dan mencari informasi dalam waktu yang cukup lama, bahkan hingga bertahun-tahun. nono tidak punya pilihan lain selain menjalankan tugas tersebut agar panti asuhan tetap ada. kabuto tumbuh menjadi dewasa dan ia sangat berbakat dalam ninjutsu medis. ia diajarkan dengan baik higga ia dapat ikut dalam ujian chunin. ia selalu diberi tugas sebagai mata-mata ke berbagai desa. hingga ia bertemu dengan ibunya 'nono' di suatu desa karena nono juga sedang di beri tugas disana. saat kabuto melihat ibunya, ia sangat bahagia dan senang, tetapi kebahagiaan nya itu berubah menjadi air mata yang sangat deras saat ibunya tidak mengenalinya. nono tidak mengenali nya karena saat ia bertugas sangat lama nono dicuci otaknya oleh danzo secara bertahap lama. yaitu dengan mengirimkan foto pertumbuhan kabuto namun orang lain lah yang ada di dalam foto tersebut. dengan kata lain, danzo menciptakan kabuto yang lain. saat ia menangis karena sakit hati di tepi sungai, orochimaru manghampiri kabuto dan mengajak nya untuk menjadi murid sekaligus menjadi anak orochimaru. awalnya kabuto tidak mau karena orochimaru mengajaknya untuk mengkhianati konoha. orochimaru pun menjelas kan kenapa danzo memberi nono tugas yang lama tersebut. intinya konoha menghianati kabuto dengan mencuci otak nono karena konoha takut akan informasi yang telah dikumpulkan kabuto. kabuto pun mau ikut dengan orochimaru dan mempelajari banyak jutsu hingga sekarang kabuto menjadi sennin ular sempurna melebihi orochimaru. Catatan : saat kabuto ditemukan ia tidak memiliki nama, ibunya 'nono' yang memberi nama yakushi kabuto.